Johnny Flanagan es el alias de Juan Anguera, un muchacho de dieciséis años que vive en un barrio humilde de Barcelona, que ayuda de vez en cuando a sus padres en el bar del que son propietarios y que consigue algún dinero trabajando como detective privado. En esta aventura, Flanagan trabaja para una supuesta vidente que le pide que investigue sobre la vida de sus futuros clientes, con el fin de impresionarlos en la primera visita. Un modo infalible de averiguar datos sobre la gente es hurgar en las basuras. Mientras investiga a la señora Juana Romero, no puede evitar fijarse en otros vecinos que dejan sus basuras en el contenedor.
En el barrio de Flanagan, gitanos y payos conviven de forma relativamente pacífica hasta que un payo, Sebastián Herrera, aparece asesinado. Acusan y detienen a Reyes Heredia, un gitano al que Flanagan conoce y que sale con Carmen, la ex novia del detective. Esa detención da lugar a una explosión de racismo desmedida e incontrolable en el barrio. Cuando Flanagan ve la foto de la víctima, recuerda inmediatamente que era uno de los vecinos de Juana Romero y recuerda también cómo era la bolsa de basura que le vio tirar al contenedor.
La huelga de basureros favorece que Flanagan pueda hacerse con esa bolsa y que encuentre algunos indicios que le permiten iniciar las investigaciones. Estas le llevarán hasta Sirvent, el propietario de un bar frecuentado por los skinheads, y hasta COYDESA, una empresa inmobiliaria que acaba de comprar unos terrenos en el barrio con la intención de vendérselos a una cadena de hipermercados.
Descubrirá una completa trama de intereses económicos que implicará a los empresarios, pero tendrá que conformarse con salvar su dignidad frente al soborno: la falta de pruebas le impedirá desmentir la versión oficial en la que se inculpa solo al ejecutor material del asesinato, que aparece también muerto en aparente «ajuste de cuentas».

La tranquilidad de Juan Anguera, alias Flanagan, ante la perspectiva de unas breves vacaciones en compañía de su amiga y socia María Gual, que le permitirán escapar de su barrio durante unos días, se ve alterada por una llamada telefónica. Nines, una «pobre niña rica» a la que Flanagan había conocido en una aventura anterior, le pide una cita: necesita su ayuda. Flanagan corre al encuentro de Nines, nostálgico y esperanzado, pero Nines no está sola. Con ella está Ricardoalfonso, alias Erreá: en realidad es él quien necesita su ayuda: se ha metido en un lío de tráfico de drogas y lo persiguen dos individuos peligrosos. Flanagan le ofrece su ayuda ocultándolo durante unos días en su barrio.
Las circunstancias lo llevan a pasar un fin de semana con María en un ambiente completamente distinto al suyo en un pueblo de la costa, en el que veranean Nines, Erreá y toda la pandilla. Allí será víctima de una broma pesada preparada entre unos cuantos amigos de Nines para burlarse de su vocación de detective: lo dejan tirado en medio del mar, habiéndole hecho creer antes que Erreá había muerto en manos de los traficantes.
El amor propio del detective está por los suelos. No obstante, Flanagan se ve obligado a retrasar su venganza porque el yate en el que Erreá y sus cómplices se habían alejado después de dejarlo tirado en medio del mar se ha incendiado. Alguien llama a casa de Erreá, dice haber secuestrado al muchacho y pide un alto rescate. Sorteando, todo tipo de impedimentos y gracias a la colaboración de María y Nines, consigue llegar hasta el lugar en el que está escondido Erreá. El incansable detective descubre al final que, en realidad, era todo un montaje para conseguir dinero y que Erreá era cómplice de sus «secuestradores».
Y, por fin, la venganza se cierne sobre los implicados en la broma: Erreá y los artífices del falso secuestro están en el cuartelillo; el resto, encerrados en un ascensor a punto de que les haga efecto un laxante que Flanagan les ha echado en la sangría.

El pequeño Alí, un niño magrebí del barrio de Flanagan, ha desaparecido. Oriol Lahoz, detective profesional, le pide ayuda para encontrarlo. Por supuesto, las cosas no son como parecen. Siguiendo la pista del niño, Flanagan se asombra y se indigna ante la terrible situación de los emigrantes de origen magrebí que viven en su barrio, y descubre que el padre del chico, que también ha desaparecido, está involucrado en el robo de las valiosísimas joyas Almirall.
Entretanto, debe ayudar a su amigo Charcheneguer, que se ve implicado en el robo de una joyería y luego es secuestrado por un supuesto amigo que pretende quitarle el anillo de brillantes que le ha comprado a su novia.
Y, por si fuera poco, Carla, una guapísima compañera de instituto de Nines, e Hilario, un rubio musculoso, se entrometen en su vida y parecen querer separarles a él y a su chica. Al final, Flanagan descubre que ambos forman parte de un plan ideado por Erreá, ex novio de Nines, y los primos Brotons, que tiempo atrás habían sido desenmascarados por el detective en un caso de falso secuestro y ahora quieren vengarse de él.

Una compañera de clase, del grupito de las Cuerpos Diez, desaparece. El padre de la chica le ofrece a Flanagan una cantidad considerable de dinero para que averigüe si su hija está bien.

En esta aventura, Flanagan se enfrenta con la enérgica Blanca, es asediado por Vanesa y perseguido por un Charcheneguer dispuesto a convertirse en su mejor amigo. Asustado al descubrir cosas que tal vez hubiera preferido no saber nunca, lo único que le faltaba era que su propio padre le encargara otro caso.

Un crimen terrible, un detective profesional y una chica misteriosa ocuparán a Flanagan en esta aventura. Una noche es asesinado el párroco del barrio, un anciano tan bondadoso e inofensivo que resulta inconcebible que alguien pudiera tener algo en su contra.

Oriol Lahoz, detective y culpable a los ojos de todos, contratará a Flanagan como ayudante para desenmascarar al auténtico asesino.

Clara Longo, quien fuera la primera novia de Flanagan, ha sido detenida por la policía a causa de su vinculación con una banda que comercia con objetos robados.Cuando él se entera, preocupado por su situación actual, decide contactar con ella, que ahora vive en casa de sus tíos. A los dos días de un primer encuentro, Flanagan recibe una llamada de la policía: Margot, la tía de Clara, ha sido asesinada y la joven está retenida como imputada.Convencido de su inocencia y ayudado por Nines y Charche, se introduce en un turbio asunto y se convierte en el único que puede salvar la vida de su primer amor.

¿Vampiros? Flanagan no cree en vampiros, al menos cuando luce el sol. Pero de noche, solo en un castillo en ruinas, en una comarca famosa por su cosecha de cadáveres desangrados... es otra cosa. Por una estúpida apuesta, sus vacaciones en la nieve se convierten en una sucesión de situaciones peligrosas.

Y, por si fuera poco, tiene, además, algunas preocupaciones: el niño pijo se ha empeñado en quitarle a su novia; ha de descubrir al enmascarado de quien se ha enamorado María Gual, y, lo más importante, superar un cursillo acelerado de esquí.